2006年7月，胡歌接拍了根据金庸名着改编的《射雕英雄传》，在06年8月29日，正值射雕拍摄期间，胡歌遭受车祸，身受重伤，与他同行的女助理张冕经抢救无效死亡。胡歌经过六个半小时的抢救，身体重创，全身麻醉，脖子及右眼缝合100多针，还需要接受右眼角植皮手术，因此正在拍摄的《射雕英雄传》不得不停了下来。一年之后，2007年6月22日，胡歌正式宣布复出。他参加了《超级访问》《背后的故事》《鲁豫有约》《周日全明星》共四个访谈节目。胡歌复出重新投入到《射雕英雄传》的拍摄之中。2008年，胡歌发行第一张专辑《出发》，创下了销售佳绩。
2009年，胡歌主演的《仙剑奇侠传三》正式播出，在多个地面平台首播时均荣居收视榜首。2010年，该戏作为江苏卫视春节黄金档电视剧，大年初一开始播出，全剧首播平均收视率为1.47，市场份额为4.19%，单集最高收视率为1.7，位居卫视同时段第一。
2010年1月2日，穿越历史电视剧《神话》在央视八套开年黄金档全国首播，该剧首播收视率为3.13，单集最高收视率为4.13，位居全国同时段第一，创下并保持着央视八套收视率最高纪录。
2011年，他参演纪念辛亥革命百年献礼大片《辛亥革命》也在2011年上映。片中他出演“黄花岗七十二烈士之一”的历史人物林觉民，他凭借此角入围第31届大众百花奖最佳新人奖。
2012年，胡歌身兼制片人和领衔主演的电视剧《轩辕剑之天之痕》在湖南卫视第一周播剧场播出，成为国内真正意义上的第一部周播剧。 该剧在首播两晚平均收视率为1.86%，全剧平均收视率1.62%，单集最高收视率2.2%，单集最高收视份额为11%，保持大陆周播剧最高收视纪录。
2013年，胡歌回归舞台，出演话剧《如梦之梦》，饰演五号病人，获得第二届丹尼国际舞台表演艺术最佳男演员奖。《如梦之梦》每场长达八小时，一年间先后在北京、乌镇、上海、台北、深圳、新加坡巡演，仅前三站便收获3000多万票房，上海站的20场总计突破1100万。同时，胡歌还出演白先勇的全程上海话的方言话剧《永远的尹雪艳》，饰演徐壮图，凭此角获得上海文化广场年度最受欢迎男主角奖，这也是他第一次用上海话在上海的话剧舞台上演出。
